杀菌剂的作用方式主要有保护、治疗、铲除三种。

保护剂在病原菌侵染之前将杀菌剂喷施在植物体表面，以后病原菌来了可保护植物不受侵染。较老的杀菌剂品种多以保护作用为主，如波尔多液、福美类和代森类等品种。对保护剂要求掌握好施药时机，太早了没用，最好在病菌快要侵染之前。如果病原菌已经侵入到植物体内，就没有什么药效了。对大田作物施用保护剂，最晚也要在田间刚发现“中心病株”之时施药，即在这些病株上的病原菌具有感染健株能力之前施药，以保护大多数植株。保护剂往往持效期较长，以在一段时间内起到保护作用。必要时可多次施药。